Rodzaje wodonercza bywają różne, w zależności od kilku czynników: czas trwania, nasilenie oraz lokalizacja zmian. Najczęściej stosowany podział dotyczy nasilenia wodonercza. Stopnie tego nasilenia odzwierciedlają zaawansowanie problemu.
- Wodonercze pierwszego stopnia (łagodne) – to niewielkie poszerzenie miedniczki nerkowej, bez znaczącego wpływu na funkcję nerki. Zwykle może być jedynie kontrolowane i obserwowane, nie ma w tym przypadku konieczności natychmiastowej interwencji.
- Wodonercze drugiego stopnia (umiarkowane) – jest to wyraźne poszerzenie miedniczki nerkowej i kielichów nerkowych. Funkcja nerki zaczyna być zagrożona, a interwencja medyczna może być konieczna, aby zapobiec dalszym uszkodzeniom narządu.
- Wodonercze trzeciego stopnia (ciężkie) – to już znaczne poszerzenie miedniczki i kielichów, z widoczną atrofią (czyli zanikiem) miąższu nerki. Funkcja nerki jest poważnie upośledzona lub nawet całkowicie utracona.
Ze względu na czas trwania schorzenia rozróżnia się wodonercze ostre i przewlekłe.
- Wodonercze ostre – rozwija się nagle, zwykle w wyniku gwałtownego zablokowania odpływu moczu (przykładowo przez kamień nerkowy). Objawy takiego wodonercza są zazwyczaj bardzo intensywne (z nagłym, silnym bólem) i często wymagają pilnej interwencji.
- Wodonercze przewlekłe – rozwija się powoli, czasami przez wiele miesięcy lub lat, w wyniku częściowego lub okresowego zablokowania odpływu moczu (na przykład z powodu zwężenia moczowodu). Może przebiegać bezobjawowo lub z łagodnymi objawami, ale tego typu długotrwałe uszkodzenie nerki bywa trudniejsze do leczenia.
Ponadto wodonercze może być jednostronne, dotyczące jednej nerki (wodonercze lewostronne i wodonercze nerki prawej) lub obustronne, które zwykle jest spowodowane ogólnoustrojowymi przyczynami takimi jak przerost prostaty, nowotwory uciskające moczowody lub choroby neurologiczne. Obustronne wodonercze jest zdecydowanie bardziej niebezpieczne, ponieważ może prowadzić do niewydolności obydwu narządów.
Klasyfikacja obejmuje też wodonercze mechaniczne, wynikające z fizycznej przeszkody w odpływie moczu (kamień nerkowy, guz) lub czynnościowe (funkcjonalne), w przypadku którego przyczyną jest zaburzenie funkcjonowania układu moczowego, przykładowo w wyniku chorób neurologicznych lub zaburzeń pracy pęcherza (neurogenny pęcherz).